Les macareux moines ont presque totalement disparu du golfe du Maine en 1901, chassés pour leurs plumes et leur viande, jusqu'à ce qu'il ne reste qu'un seul couple sur Matinicus Rock. Tout ce qui est visible depuis un bateau aujourd'hui découle d'un acte de réparation délibéré.
En 1973, l'ornithologue Stephen Kress a commencé à transplanter des poussins de macareux de Terre-Neuve vers Eastern Egg Rock, une île dénudée de près de trois hectares au large de la côte de Muscongus Bay. La méthode n'avait jamais été testée. Les poussins ont été élevés dans des terriers en gazon artificiel, nourris de poissons enrichis en vitamines, puis relâchés en mer, où ils passaient quatre ou cinq ans avant qu'un seul ne puisse revenir. Le premier couple reproducteur est revenu en 1981. Ce travail est devenu le « Project Puffin », et la technique de leurres et de miroirs qu'il a inaugurée a depuis été exportée vers des colonies d'oiseaux marins sur cinq continents. Une croisière aux macareux à Boothbay Harbor, Maine, navigue au cœur de cette histoire plutôt qu'à côté.
Le port lui-même a une histoire ancienne avec l'eau. Boothbay était une colonie de pêche et de construction navale bien avant de devenir une ville estivale, et le mouillage profond et abrité qui servait autrefois aux flottes de goélettes dessert aujourd'hui les navires d'excursion au départ de Commercial Street. Les phares qui ponctuent ces itinéraires sont des infrastructures en service avec des dates à l'appui : le Burnt Island Light, établi en 1821, est l'un des plus anciens phares survivants du Maine ; le Ram Island Light, allumé en 1883, marque toujours l'approche est du port. Seguin, Pemaquid Point et les Cuckolds se situent dans le rayon de croisière plus large, et plusieurs itinéraires de croisière autour des îles côtières s'y faufilent.
Ce qui rend la région ornithologiquement dense, c'est l'eau froide influencée par le Labrador qui pousse dans le golfe du Maine. Elle soutient le hareng, le lançon et le merlu, qui à leur tour soutiennent les petits pingouins, les guillemots à miroir, les sternes pierregarin et arctiques, les fous de Bassan, ainsi que les phoques gris et communs qui se reposent sur les rochers. Les macareux sont la vedette, mais ils partagent l'affiche. Une seule excursion de croisière aux macareux à Boothbay Harbor, Maine, enregistre fréquemment une douzaine d'espèces entre l'embouchure du port et les rochers extérieurs.
Le statut de la colonie reste conditionnel. Le réchauffement des températures de surface a déplacé les poissons fourrages vers le nord, et le succès de la reproduction à Eastern Egg Rock a fortement fluctué au cours des dernières saisons. Les chercheurs occupent toujours l'île chaque été, comptant les terriers depuis des abris. Les oiseaux ne sont pas une attraction fixe. Ils constituent une population sous observation constante, et les bateaux qui transportent les visiteurs font, à leur modeste échelle, partie du groupe qui permet de financer cette observation.